A BIREME, centro especializado da Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde (OPAS/OMS), coordena a gestão do índice LILACS em âmbito regional. Desde outubro de 1992, cada país do Sistema Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde, por meio dos Centros Coordenadores Nacionais (CCN), é responsável pela seleção de títulos de periódicos nacionais. Dentro dessa estrutura, foram também estabelecidas redes temáticas LILACS nas áreas de Enfermagem e Odontologia.

No Brasil, o processo de avaliação e seleção de periódicos científicos é coordenado pelo Ministério da Saúde do Brasil e liderado pela BIREME/OPAS/OMS como uma das ações previstas no Termo de Cooperação 93. A seleção de periódicos brasileiros para a LILACS é uma das atividades realizadas pelo Comitê de Avaliação e Seleção de Periódicos LILACS Brasil. A avaliação para admissão e permanência de periódicos na LILACS nas áreas temáticas é conduzida pelos coordenadores da BVS Enfermagem em âmbito regional (América Latina e Caribe) e pela coordenação da BVS Odontologia no âmbito nacional (Brasil).

O Comitê de Avaliação e Seleção de Periódicos LILACS Brasil é responsável pela avaliação de periódicos para inclusão ou exclusão do índice, pelo acompanhamento da qualidade dos periódicos, com a emissão de relatórios e recomendações de melhoria aos editores, pela análise da produção científica nacional, pela atualização contínua dos critérios de avaliação e seleção de periódicos para LILACS Brasil e pelo compartilhamento de experiências com as coordenações das redes BVS Enfermagem e Odontologia, assegurando uniformidade no processo de avaliação de periódicos brasileiros.

A equipe da LILACS é responsável por fornecer suporte administrativo e operacional ao Comitê de Avaliação e Seleção de Periódicos LILACS Brasil, além de realizar a avaliação de permanência dos periódicos indexados.