O mérito científico do periódico é o principal critério para sua indexação na LILACS. O conteúdo do periódico deve refletir coerentemente sua missão, escopo e visão de futuro, conforme estabelecidos pelo corpo editorial.

A publicação de artigos originais é uma condição necessária para a seleção de um periódico na coleção, devendo representar, no mínimo, 60% dos artigos publicados por fascículo. Artigos originais são aqueles que apresentam resultados de pesquisa científica com base em dados experimentais ou observacionais originais. Revisões sistemáticas da literatura (como metanálise, metassíntese, scoping review, mapping review, overview, revisão sistemática e revisão integrativa) serão consideradas como artigos originais. Outros tipos de contribuição presentes nos periódicos podem incluir estudos de caso, reflexões teóricas e relatos de experiência. Apenas documentos que tenham passado por revisão por pares serão analisados.

Não serão considerados para indexação:

• Boletins de notícias ou publicações com foco organizacional ou informativo;
• Periódicos de caráter comercial;
• Periódicos dedicados exclusivamente à divulgação científica;
• Periódicos que publicam predominantemente artigos traduzidos ou previamente publicados em outros periódicos.

É importante que o conteúdo publicitário ou o patrocínio comercial não comprometa a objetividade do material publicado nem gere conflitos de interesse.

Para periódicos que publicam exclusivamente relatos de casos ou séries de casos, serão desconsiderados os critérios de originalidade. No entanto, serão avaliadas a relevância e pertinência dos casos relatados, que devem apresentar descrições completas e detalhadas dos casos, acompanhadas de discussões substanciais sobre sua relevância para a prática clínica e a pesquisa.

A análise do mérito científico no processo de avaliação LILACS conta com o apoio de pareceristas ad hoc especializados na área temática do periódico.

a) Republicação de artigos

Não serão aceitos artigos republicados, exceto nos casos previstos pela recomendação do ICMJE (International Committee of Medical Journal Editors — Acceptable Secondary Publication). Para a republicação, é necessário obter a aprovação do editor do periódico em que o artigo foi publicado originalmente, com a devida citação da fonte original em nota de rodapé. A republicação de artigos por outros motivos, no mesmo ou em outro idioma, pode ser justificável e benéfica, especialmente para ampliar o alcance de descobertas importantes, desde que respeite as condições estabelecidas pelo ICMJE.

As Instruções aos Autores devem especificar que o artigo não pode ser submetido simultaneamente a dois ou mais periódicos. 

A LILACS desencoraja a publicação de artigos multipartes e de resultados parciais da mesma pesquisa. Caso dois ou mais artigos da mesma equipe de pesquisa utilizem o mesmo conjunto de dados para análise, cada um deve apresentar conteúdo substancialmente diferente, incluindo métodos analíticos, discussões e conclusões exclusivas. Deve-se citar publicações anteriores que utilizaram o mesmo conjunto de dados, para garantir transparência. Se a interpretação dos dados e as conclusões forem semelhantes entre os artigos, apenas o primeiro artigo será considerado, exceto em caso de estudos subsequentes ao primeiro que explicitamente declarem que visam à reprodução e/ou retestes de hipóteses para fins de aumento da confiabilidade da literatura em saúde.